院旗为红、灰双色旗帜，采用仁济红与古典灰，主体内容为中、英文院名和院徽。

仁济红（C:25 M:100 Y:100 K:20）为医院标识色，兼具沉稳的典雅和蓬勃的朝气，象征医院不朽的历史和美好的未来；古典灰（C:47 M:37 Y:37 K:0）萃取于医院经典建筑仁济男医院和仁济女医***楼的青砖，寓意百年老院的文化坚守。仁济红在上，古典灰在下，红灰映衬，热烈庄重、典雅大方，是***市第二人民医院弘扬传承百年文化，同时不断开拓创新、求真务实形象的昭显。

中文院名为白色字，分为上下两排，上排是成都知名作家马识途为医院题字“***市第二人民医院”，下排是“四川仁济医院”和“***市红十字医院”并列。英文院名为单排黑色字Chengdu Second People’s Hospital，字体为Arial。